湖東三山の一つで、三山の南端に位置する。
寺伝によれば、推古天皇十四年聖徳太子によって創建されたという。室町時代の勧進帳序文に「模龍雲之梵閣於三十三朝、以高麗恵慈為呪願、命道欣設供養」とあり、太子は百済国龍雲寺に模して堂を建て、高麗僧恵慈をもって呪願とし、百済僧道欣を導師として供養したとある。
百済寺はその寺号のとおり百済の人々との密接な関係を想起させる。
本尊は藤原時代に造立された十一面観音菩薩であるが、秘仏のため見ることは叶わない。

ＮＨＫの「にっぽん心の仏像」の映像を借用

秘仏・十一面観音立像（植木観音）

韓国留学生の友人をこの百済寺や石塔寺に案内した。韓国との古くからのつながりを知ってもらいたかったから。
夕刻がせまり参道を帰ろうとしたとき、寺の鐘が「ゴーン」となった。静かな境内にその音は響きわたった。とてもすてきな風情だ。
その時韓国の友人は云った。「素敵な音色ですね、デーンと」。

韓国の人は鐘の音を「デーン」という。私の耳には「ゴーン」としか聞えないけど・・・。

弥勒菩薩さまはどちらに聞えますか？うう〜む、難しいなあ、この耳にはなぁ・・・、悩んでしまうなあ。私の好きな半跏思惟像である。